2023-11-22
Nature Communications|科学中心刘琦团队发表基于分子互作指纹的CRISPR靶向预测和sgRNA优化的AI方法
CRISPR基因编辑技术是生物医学领域的关键技术,然而,CRISPR系统可能存在的脱靶效应是制约其临床应用的障碍。虽然领域内已开发了若干CRISPR基因编辑脱靶效应预测的计算模型,但是这些模型尚缺乏对于CRISPR系统分子机制、特别是其动力学机制的深入理解,其全基因组范围内的脱靶预测结果往往差强人意。近日,同济大学上海自主智能无人系统科学中心、生命科学与技术学院、自主智能无人系统全国重点实验室、教育部自主智能无人系统前沿科学中心刘琦教授课题组,联合之江实验室、罗氏上海创新中心和中国农业科学院等团队在Nature Communications上发表了题为Genome-wide CRISPR off-target prediction and optimization using RNA-DNA interaction fingerprints的文章,发布了领域内首个基于分子互作指纹的CRISPR靶向效应预测和sgRNA优化模型CRISOT。针对CRISPR脱靶预测中面临的瓶颈,融合分子动力学(molecular dynamics, MD)模拟和人工智能(artificial intell